生物医学研究院（Institutes of Biomedical Sciences, 简称IBS）始建于2004年3月，其宗旨是：“健康上海人，欢乐中国人”。研究院遵循“章鱼模式”发展，致力于建设人才聚集高地、领衔大项目高地和做一流研究高地。研究院以“转化医学”为目标，积极推动复旦大学生命科学与医学的有机结合，建立基础科学与临床需求的紧密联系。研究院的院训是“铭诚、卓毅、协作、拓新”。
生物医学研究院下设九个研究所/中心，即：基因组学与表观基因组学研究所、蛋白质组学与系统生物学研究所、创新药物与结构生物学研究所、发育生物学与出生缺陷研究所、干细胞与再生医学研究所、心血管疾病研究中心、癌症研究中心、病理研究中心、病原微生物与传染病和公共卫生研究中心。此外，以研究院为载体，建立了复旦大学出生缺陷研究中心和复旦大学中国重大疾病遗传资源样品库。
生物医学研究院是承担国家重大项目的重要基地。研究院依据国家中长期科技规划以及国家、上海市的经济建设和社会发展需求来设计和组织项目申请，开展团队建设，以提升对重大项目的承担能力。截至2008年底，各类人员共申请获得国家和地方科研项目批准经费额度总计5.43亿元，目前到位经费总额约1.12亿元。截至2008年底，发表论文347篇，其中SCI论文311篇，单篇最高IF达27，总IF达1334.6，平均IF为4.3。
研究院拥有一流的导师队伍。现有院士7名，引进PI（Principal Investigator，首席研究员）28人，双聘PI 40余人，研究人员20余名，工程技术人员20余名，行政人员8名。目前已形成多个研究团队，包括肝癌研究团队、传染病研究团队、蛋白质组学研究团队、基因组的进化分析及其应用研究团队、干细胞研究团队、分子细胞生物学研究团队、表观遗传学团队、结构生物学团队、病理研究团队。吸引了一批国际著名的华人科学家来院工作，包括表观遗传学家施扬、石雨江，细胞分子生物学家熊跃、管坤良等。
研究院具备先进的科研条件。目前已建成多个技术平台，如：蛋白质组学技术平台、分子细胞技术平台、药物与结构技术平台、基因组学技术平台、病理研究技术平台、基础医学技术平台（癌症，心血管）、公共技术平台。拥有价值40万元以上的大型仪器19台，包括大型质谱仪、测序仪、显微切割仪、流式细胞仪、小动物活体成像仪、小动物超声、多功能工作站、多功能扫描仪、DNA合成仪等，建设实验室总面积4011平方米，共购置仪器1746台，总价值10698万元。
生物医学研究院位于复旦大学枫林校区，拥有一流的导师、一流的科研条件和学术氛围，是培养生物医学交叉学科高素质研究人才的摇篮，依托相关院系招收博士及硕博连读研究生。