硕士研究生：
（1）全国统考：考生须参加每年1月进行的全国研究生入学考试，初试科目为政治理论、外语和2门业务课。其中，外语、政治、数学及医学等科目由教育部统一命题，专业课则由我校命题，复试分数线由我校自行划定。上线考生方可进行复试。复试的时间、地点、科目及方式由我校自定。以同等学力资格报考的考生，复试时的笔试科目不少于2门。
（2）单独考试：是经教育部批准的招生单位可自行组织的入学考试。参加单独考试的考生必须是大学本科毕业工作4年或4年以上或获硕士、博士学位工作2年或2年以上，由原单位推荐；毕业后参加原单位工作。单独考试科目的命题、录取分数线均由我校自行确定。
（3）工商管理（MBA）联考：考生须大学本科毕业后，工作3年以上；或大专毕业后，工作5年以上；或硕士生毕业学历或硕士学位，工作2年以上。联考的初试科目有2门，为外国语和综合能力。英语和综合能力命题工作均由教育部委托有关机构承办。选考日语或俄语的考生，用全国统考的试卷，其他语种的试题由我校自行命题（政治理论由我校自行命题在复试中进行）。
（4）法律硕士(JM)联考：在高校学习的专业为非法学专业（下列13个专业不得报考法律硕士专业学位：法学、经济法、国际法、国际经济法、劳动改造法、商法、公证、法律事务、行政法、律师、涉外经济与法律、知识产权法、刑事法）。
（5）推荐免试：部分高等学校按教育部规定推荐本校优秀应届本科毕业生，由我校确认其复试资格并进行选拔。
博士研究生：
除本校硕博连读生转博（含临床转博）和招收部分直接攻博生外，有公开招考（学校统一命题考试）和部分导师自主招生（由导师自定考试方式和考试内容）两种考试方式。可自主招生的导师为两院院士、复旦大学杰出教授等。
上海医学院博士生招生选拔办法：初试阶段只进行公共外语考试，专业基础和专业课的考试放在复试时进行；上海医学院将组织各学科成立考核专家组，依据考生的公共外语成绩及申请材料的综合评估结果，由考核专家组和上海医学院招生领导小组确定差额复试比例和名单。